Medzi hlavné činnosti úradu v oblasti regulácie vodného hospodárstva patrí:
- navrhovanie spôsobu, postupov a podmienok cenovej regulácie vo vodnom hospodárstve podľa zákona o regulácii,
- vykonávanie regulácie cien,
- rozhodovanie o vyňatí regulovaného subjektu alebo regulovanej činnosti z regulácie, ak pôsobenie trhových síl postačuje na zachovanie účelu sledovaného reguláciou,
- riešenie podnetov týkajúcich sa stanovenia alebo schvaľovania spôsobu, postupov a podmienok používaných na výpočet cien a podmienok regulácie.